税務調査とは具体的に何を調査されるのでしょうか？

簡単に申し上げますと、税金の申告が正しく行われているかを調査することです。

昨今は赤字企業が全中小企業の7割を超えると言われていますので、赤字であっても税務調査が行われます。
特に利益に関しない項目(消費税や源泉所得税など)についても昨今は税務調査が実施され、思わぬ指摘を受けている企業が多いといわれています。
基本的に過去３年分を調査されます。